Sim, você terá a cobertura de apenas R$ 125.000,00 neste exemplo que você citou. O FGC divide os R$ 250.000,00 por CPF.
Nunca faça a compra de CDBs no valor de R$ 250.000,00 em instituições pequenas, pois você investirá este valor, mas perderá toda a rentabilidade dele caso a instituição vá a falência e precise ser coberto pelo FGC.
Recomendo que você faça aplicações que cheguem neste valor de R$ 250.000,00 apenas no vencimento (já com os seus ganhos) para ter mais segurança.