Olha, o que já usei para gestão de desenvolvimento de software:
Trello para meu projeto de TCC, mas foi muito pro-forma, e não foi uma boa experiência para gestão de desenvolvimento de software.
Jira (faz muito tempo) e achei mais interessante mas bem burocrático.
Bitrix, apesar de interessante, a usabilidade foi bem sofrível.
Azure Boards, muito versátil, completo, com métodos de gestão diferentes (ágil, scrum, kanban), integração com repositórios de código, builds e deploys. O mais problemático são as configurações e se ater ao uso correto do método escolhido.
Com relação à produtividade, com o Azure foi uma diferença notável, o dia a dia é MUITO facilitado para a equipe e para gestão, mas não exime a gestão de acompanhar de perto.
Tive também uma experiência bem rápida com o Bitrix para gestão de processos comerciais e esta foi muito mais interessante, diversas integrações que facilitaram muito as atividades da equipe do comercial, do funil inicial ao pós venda.