Bem, vou falar como é minha rotina contábil trabalhando para uma empresa dos EUA. Eu uso a Contabilizei como plataforma de contabilidade online.
Todo mes a empresa emite uma invoice(equivalente deles para nota fiscal) para o meu pagamento.
Quando recebo essa invoice, imediatamente mando para a Contabilizei e eles emitem uma Nota Fiscal de prestação de serviços, com o CNAE adequado.
A partir dessa nota fiscal, fazem os cálculos do imposto devido. Existe a possibilidade de fazer uma otimização fiscal aqui, eles tomam como base o anexo de uma portaria(ou algo equivalente, nao lembro direito) para pagar menos impostos. Uma primeira leitura: https://www.contabilizei.com.br/contabilidade-online/fator-r-simples-nacional/
Basicamente, uma parte do que voce recebe vai ser pago a voce mesmo a titulo de pro labore(o "salário" do socio) e o restante, depois de pagos os demais custos, vai ser distribuído sob a forma de lucros. E sobre esse valor nao incide imposto de renda. No final, quando voce calcula tudo que pagou de imposto(tanto os da PF relativos ao pro labore - IR e INSS) quanto os da PJ(esqueci o nome agora, mas são duas guias todo mes) sai em torno de 12% a 14%.