@Leonardo Souza, tudo bem?
Em regra geral, não vale a pena investir pela PJ, além das opções de investimentos serem menores que para a PF (ex.: PJ não pode aplicar em LCI e LCA), a empresa sempre pagará 34% entre IR e CSLL sobre o rendimento do investimento, ou seja, se em um investimento houver a cobrança de 15% na fonte sobre o que rendeu, será pago depois pela empresa a diferença que é de 19%.
Agora, se a ideia é ter um rendimento nos valor que a empresa utiliza para o dia-a-dia e para futuras inovações, o ideal é que o valor do caixa, de até 22 dias, seja investido em Compromissada e o restante em boas aplicações como CDB's.