Elas são cobradas do patrimônio do fundo.
A rentabilidade divulgada pelos fundos já é líquida, o que significa que o investidor do FII recebe as informações de ganhos já com os descontos aplicados.
Você consegue essa informação pelo RI do FII.
Por exemplo no BTLG11 você consegue a informação por este site:
https://btlg.btgpactual.com/sobre-o-fundo/portfolio/