Eu particularmente gosto de dividir a minha reserva de emergência em lugares diferentes, justamente por causa dessas particularidades de cada investimento. Hoje eu tenho parte em CDI diário de um banco digital, parte em Tesouro selic, parte em CDI diário de um bancão e parte livre na conta do bancão.
Vale lembrar que o objetivo da reserva de emergência não é de render juros, é de estar disponível para as emergências. O redimento é só um adicional.
No seu caso, como está negativo na corretora, se retirar hoje, acredito que vai retirar o que está registrado mesmo. Mas nos dias seguintes já deve voltar pro positivo.