Olá anônimo! Eu também recebo do exterior usando a Husky, então acho que consigo te ajudar um pouco.
Sobre a NF, acredito que se você gerá-la assim que possível, desde que com os valores corretos, não terá problema. Não é o ideal, mas ainda é melhor do que simplesmente não gerar a NF.
Sobre o Simples Nacional, recomendo que no final do ano você faça uma análise tributária da sua empresa e veja se compensa migrar para Lucro Presumido. A economia de imposto foi considerável no meu caso.