Bom dia!!
Eu utilizo a ContaJá como contabilidade a quase 1 ano e não tive dor de cabeças até o momento.
Quando ao CNPJ, tem que ser ME e até onde sei a alíquota mais baixa que temos como pagar é de 6%, desde que você tire um pro labore de pelo menos 28% do seu faturamento que no seu caso ficaria em torno de 4.5k.
Espero que contribua com o que precisas.