Olá, @Matheus Antonio Da Silva!
Eu me enquadro numa situação bastante semelhante. Quando abri minha empresa, optei inicialmente pelo Lucro Presumido, mas posteriormente migrei para o Simples Nacional e a alíquota de impostos ficou menor. Desde que o seu Fator R seja o suficiente para se enquadrar ao Anexo III (o que é possível de manejar, de acordo com o valor de Pró-Labore que irá recolher), considero esse sistema de tributação mais vantajoso e também mais simples em termos de recolhimento e pagamento de impostos.
Abraços!