Cara, tem que ser algo muito bem estruturado, se não a chance de dar ruim é grande.
Vou responder conforme os pontos para ficar mais coeso:
1º) Quando ele diz que não vai passar por licitação é história para boi dormir. Vai sim, mas o edital certamente já vai ser feito para que o único produto que se encaixe seja o de vocês, apesar de não ser exatamente correto, é bem comum no mercado governamental.
2º) Uma coisa importante sobre patentes é que elas seguem a mesmíssima regra de criptos: se não são suas chaves, não são suas moedas. Por isso registre a patente no INPI para ontem. Não vá confiar que o pessoal vai jogar limpo com vocês, porque muito provavelmente não vão.
A patente não é para ser do governo. A patente deve ser de vocês com a licença de exclusividade ao governo por X anos. Basicamente uma concessão, vocês continuam donos, mas o governo pode usar pelo período da licença.
3º) Quanto à questão da empresa interposta, façam um contrato de representação comercial que deixe muito bem amarrado para que vocês somente figurem como fornecedores e, caso estoure uma bomba, ela não caia no colo de vocês. Um contrato bem feito custa muito menos do que a dor de cabeça futura de um contrato mal feito.
4º) Sempre exite esquema e treta com isso, mas se você se distanciar o suficiente do olho do furacão vocês conseguem ter bons proveitos. Lembre que a carta trunfo está na sua mão, mas só faz sentido jogar na hora certa.
A mesma mão que faz carinho as vezes precisa bater. Eles dizem que precisa ser do jeito deles e tal, mas eles precisam de vocês tanto quanto se não mais do que vocês deles. Eles são o governo de uma UF, mas tem 26 UFs no país e um DF, então mercado consumidor existe.
Quanto à sua pergunta final: se eu ou qualquer outra pessoa na comunidade faria ou não é completamente irrelevante. A gente quer ajudar, mas só você sabe o que te deixa confortável ou desconfortável. Eu, particularmente, já fui mais moralista um dia, mas sendo bem sincero, nada é 100% bom ou 100% ruim. O produto vai ajudar milhares pessoas e isso é excelente, mas o lado escuro faz parte e é inerente á coisa. Santos Dummont ficou depressivo quando viu aviões sendo usados em guerra e dizem que se matou por isso. Meu avô uma vez me disse que água em falta desitrata, água na medida certa lhe hidrata e água em excesso afoga, ou seja, é uma questão de ver o produto sem a visão dualista de bom e mal. Eu adoto na minha vida uma regra que chamo a regra do travesseiro: eu tenho que deitar de noite no travesseiro e dormir tranquilo com a decisão, se isso for atormentar meu sono e minha vida é algo que não vale a pena. No final das contas, eu respondo com uma pergunta: você dormiria tranquilo com a decisão? Se sim, segue adiante. Se não, deixa de lado.