Olá @Fernando Luithardt tudo bom? Vou comentar sobre o trecho que citei aqui, pois o demais assuntos não sei sobre o tema.
Se você tem uma ME e não está mais gerando faturamento, fala com o seu Contador e fecha a empresa. Se no dia de amanhã você precisar ter um CNPJ, basta abrir novamente. Não faz muito sentido ter este gasto se não tem perspectiva de reativar a empresa.