Sou PJ trabalhando em uma startup também. Se você for ser MEI, que é bem simplificado de gerenciar, dá para fazer tudo sozinho, mas o limite de faturamente é R$6750 por mês. Pode ser interessante entrar em uma contabilidade para conseguir retirar os lucros como dividendos, e não pagar IR no ano seguinte.
Caso vá receber mais que isso, acredito que terá que se enquadrar como ME. Nesse caso, um contador vai valer mais a pena, pois tem toda a questão de abrir e deixar o CNPJ em dia, calcular e gerar todos os impostos do DAS de acordo com o faturamento todo mês, preparar documentação do IRPJ, além de acompanhar toda a mudança fiscal com o IBS e CBS que está tendo... Talvez algum contador aqui da comunidade possa explicar melhor essas etapas, mas eu recomendo pesquisar antes o buraco que vai ser caso queira assumir a peteca sozinho
Cara, eu diria que se você conseguir gerenciar os dois, e tiver interesse nisso, daria até para continuar sendo CLT e PJ kkkk
PJ não impede de você ser CLT. Porém, algumas startups acabam pedindo "exclusividade", mesmo sendo PJ. Nesses casos, talvez não dê para manter o CLT
Abrir um CNPJ é relativamente rápido, e dependendo você só vai começar a gerar nota fiscal no mês seguinte aos serviços que prestou (dependendo de quando forem fazer o contrato contigo), então você poderia, por exemplo, sair do CLT logo quando for começar na startup. Mas acho que isso vai depender da sua situação